UGENE

UGENE - это свободное кроссплатформенное биоинформационное программное обеспечение. В UGENE интегрированы десятки известных биоинформационных инструментов и алгоритмов, доступных как через графический интерфейс, так и через командную строку. Используя встроенный дизайнер вычислительных схем различные инструменты и алгоритмы могут быть скомпонованы в вычислительную схему.

Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач. Имеется также возможность ускорить выполнение необходимой задачи используя облачные вычисления на Amazon EC2.

Возможности

• Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей;
• Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL;
• Множественное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee;
• Онлайн и локальный BLAST поиск;
• Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE;
• Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров;
• Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных;
• Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей;
• Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON;
• Выравнивание коротких последовательностей с помощью Bowtie, BWA или модуля сборки контигов UGENE;
• Поиск открытых рамок считывания;
• Клонирование in silico;
• Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта;
• Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED;
• Интегрированные пакеты HMMER2 и HMMER3;
• Построение (используя интегрированный пакет PHYLIP) и отображение филогенетических деревьев;
• Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана;
• Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем;
• Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов;
• Визуализация данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью обозревателя сборок..