Скачать UGENE

UGENE

Для Windows

Версия:1.29
415 скачиваний
Проверено на вирусы
?
Проверено на virustotal
Версия
1.29
Обновлено
Совместимость
Windows XP, Windows Vista, Windows 7, Windows 8, Windows 10
Размер
0.47 МБ
Архитектура
32 и 64 бит
Язык
Русский
Разработчик
Унипро
Сайт
ugene.unipro.ru

Описание

UGENE - это свободное кроссплатформенное биоинформационное программное обеспечение. В UGENE интегрированы десятки известных биоинформационных инструментов и алгоритмов, доступных как через графический интерфейс, так и через командную строку. Используя встроенный дизайнер вычислительных схем различные инструменты и алгоритмы могут быть скомпонованы в вычислительную схему.

Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач. Имеется также возможность ускорить выполнение необходимой задачи используя облачные вычисления на Amazon EC2.

Возможности

  • Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей;
  • Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL;
  • Множественное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee;
  • Онлайн и локальный BLAST поиск;
  • Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE;
  • Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров;
  • Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных;
  • Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей;
  • Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON;
  • Выравнивание коротких последовательностей с помощью Bowtie, BWA или модуля сборки контигов UGENE;
  • Поиск открытых рамок считывания;
  • Клонирование in silico;
  • Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта;
  • Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED;
  • Интегрированные пакеты HMMER2 и HMMER3;
  • Построение (используя интегрированный пакет PHYLIP) и отображение филогенетических деревьев;
  • Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана;
  • Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем;
  • Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов;
  • Визуализация данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью обозревателя сборок..

Нет официального представителя разработчика на сайте

Рейтинг

5
2 оценки
Нажмите, для быстрой оценки

Оставить отзыв

Ваше имя*
Ваш email*
Комментарий*

Отзывы