UGENE

UGENE Свободное кроссплатформенное биоинформационное программное обеспечение. В UGENE интегрированы десятки известных биоинформационных инструментов и алгоритмов, доступных как через графический интерфейс, так и через командную строку. Используя встроенный дизайнер вычислительных схем различные инструменты и алгоритмы могут быть скомпонованы в вычислительную схему. Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач. Имеется также возможность ускорить выполнение необходимой задачи используя облачные вычисления на Amazon EC2. Возможности: - Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей. - Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL - Множественное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee - Онлайн и локальный BLAST поиск - Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE - Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров - Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных - Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей - Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON - Выравнивание коротких последовательностей с помощью Bowtie, BWA или модуля сборки контигов UGENE - Поиск открытых рамок считывания - Клонирование in silico - Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта - Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED - Интегрированные пакеты HMMER2 и HMMER3 - Построение (используя интегрированный пакет PHYLIP) и отображение филогенетических деревьев - Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана - Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем - Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов - Визуализация данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью обозревателя сборок.