UGENE

UGENE Свободное кроссплатформенное биоинформационное программное обеспечение.

В UGENE интегрированы десятки известных биоинформационных инструментов и алгоритмов, доступных как через графический интерфейс, так и через командную строку. Используя встроенный дизайнер вычислительных схем различные инструменты и алгоритмы могут быть скомпонованы в вычислительную схему.

Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач. Имеется также возможность ускорить выполнение необходимой задачи используя облачные вычисления на Amazon EC2.

Возможности:

- Создание, редактирование и аннотирование нуклеотидных и белковых последовательностей.

- Поиск в онлайн базах данных: NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL

- Множественное выравнивание последовательностей: Clustal, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee

- Онлайн и локальный BLAST поиск

- Рестрикционный анализ со встроенной базой данных ферментов рестрикции REBASE

- Интегрированный пакет Primer3 для дизайна ПЦР праймеров

- Поиск повторов в последовательности ДНК: прямых, обратных, тандемных

- Конструирование точечных графиков для ДНК последовательностей

- Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием весовых матриц или алгоритма SITECON

- Выравнивание коротких последовательностей с помощью Bowtie, BWA или модуля сборки контигов UGENE

- Поиск открытых рамок считывания

- Клонирование in silico

- Отображение 3D структуры белков для форматов PDB и MMDB formats, поддержка стереоэффекта

- Предсказание вторичной структуры белка с помощью алгоритмов GOR IV и PSIPRED

- Интегрированные пакеты HMMER2 и HMMER3

- Построение (используя интегрированный пакет PHYLIP) и отображение филогенетических деревьев

- Локальное выравнивание последовательности с использованием оптимизированной версии алгоритма Смита-Ватермана

- Комбинирование различных алгоритмов в вычислительную схему с помощью дизайнера вычислительных схем

- Поиск шаблона результатов различных алгоритмов в нуклеотидной последовательности с помощью дизайнера запросов

- Визуализация данных секвенирования (BAM-файлов) с помощью обозревателя сборок.